Au sein de chacune des quinze directions de l'enseignement fondamental, un directeur adjoint est essentiellement responsable de l’organisation de l’équipe de soutien des élèves à besoins éducatifs particuliers ou spécifiques (ESEB), ainsi que du bon fonctionnement de la commission d’inclusion.

Dans chaque direction de l'enseignement fondamental, une équipe de soutien des élèves à besoins éducatifs particuliers ou spécifiques (ancienne équipe multiprofessionnelle) conseille les enseignants et peut assurer elle-même une prise en charge ambulatoire. Placées sous la responsabilité des directeurs de l'enseignement fondamental, les ESEB font un premier diagnostic en collaboration avec les instituteurs concernés et suivent la prise en charge des élèves, si celle assurée par l’école n’est pas suffisante. C’est ensuite la commission d’inclusion (voir plus loin) qui définit la forme de la prise en charge, dont la mise en œuvre est à nouveau assurée par l’équipe de soutien.

Dans chaque direction de l'enseignement fondamental fonctionne une commission d’inclusion (anciennement commission d’inclusion scolaire). Les commissions d’inclusion ont pour mission de définir, soit à la demande des parents, soit à la demande de l’instituteur ou d’un représentant de la maison relais, et pour autant que les parents aient marqué leur accord, la prise en charge des élèves qui en ont besoin.

L’intervention autour de l’enfant est consignée dans un plan de prise en charge individualisé soumis aux parents pour accord.

Au sein de la commission d’inclusion se retrouvent, en fonction des besoins, des représentants de la direction de l'enseignement fondamental, du secteur des services d’éducation et d’accueil, de l’ESEB, de l’Office national de l’enfance et des centres de compétence en psychopédagogique spécialisés.